Isso é mais comum do que voçê imagina, aconteçe de vez em quando em alguns computadores ou melhor dizendo, HD, possivélmente ação de virus; Mas não se preocupe seus arquivos não foram apagados, só estão ocultos.
Solução: Atualize o anti-virus.
Outra solução: Comando no DOS, mostra pastas ocultas ( não lembro o comando, mas se voçê se interesa comente essa postagem é me informarei com um amigo ).
Solução temporaria: Alguns softwares fazem o trabalho complicado por voçê, voçê seleciona a pasta ou unidade e ele mostra pra voçê as pastas que estavam ocultas; Lado ruim: Sempre que for acessa as pastas voçê tem que usar o software.