A memória que vai instalada na placa mãe, para que o processador utilize, não se relaciona com a memória da placa de vídeo, respondendo sua perguntando, não, não tem problema de compatibilidade.
Você pode utilizar um PC DDR 1 com placa de vídeo GDDR5 sem problemas. Os dois tipos de memórias não se relacionam no conjunto, são hardware separados.