Normalmente o virus oculta seu arquivos, para fazer com que eles apareçam vc tem que mandar listar aquivos ocultos.
no windows seven >> Organizar >> opções de pasta e pesquisa >> Modo de exibição >> desmarca o ocultar arquivos protegidos e marca exibir arquivos ocultos e do sistema, se os arquivos estiverem dentro do seu hd ainda eles vao aparecer um uma pasta oculta, ai eh soh vc procurar
No XP é praticamente o mesmo caminho, porem eh no menu ferramentas se não me falha a memória.
abraço e boa sorte!