Imagine a placa de vídeo como sendo uma outra placa mãe "acoplada" a sua placa mãe. A placa de vídeo tem seu próprio processador e memória dedicados, que funcionam independentemente do processador e memória da placa mãe na maioria dos casos. Logo, não importa o tipo da memória da placa de vídeo nem do computador, elas não vão ter incompatibilidade uma com a outra. O que você NÃO pode fazer, é colocar pentes de memória DD2 com DD3 numa mesma placa mãe (um deles não vai funcionar, geralmente o DD3), nem colocar pentes com freqüências diferentes (DD3 1000MHz com DD3 500MHz, os dois pentes iriam operar com a freqüência mais baixa, no caso 500MHz). Quanto a placa de vídeo, o slot também pode interferir. Se a placa for PCI Express, não caberia num slot PCI por exemplo.
Mas voltando a pergunta, não, não há incompatibilidade não.
E só para constar, o nome da memória em placas de vídeo é GDDR5 OU GDDR7, o G vem na frente do DDR :D