Primeiro vou tentar explicar em poucas palavras a diferença entre uma e outra.
Partição primaria vc só pode ter até 4 em um disco, e dentro delas vc pode ter ate 63 partições extendidas (logicas) 256 total. Essa é a diferença basica.
No ubuntu vc só precisa de uma partição primaria, dentre dela o ubuntu criara algumas logicas. No caso a Swap sera logica, ponha o dobro da sua memoria RAM.
O Windows ja cria duas partições, a reservada pelo sistema primaria e a do Windows em si. Ja foram duas primarias, se seu HD for particionado, vc tera uma terceira primaira, sobrando assim apenas espaço para criar mais uma primaria, dentre dessa que vc ira instalar o Ubuntu. Isso em particionamento manual, se vc por em dividir disco com o windows ele altomaticamente ira dividir o espaço vazio restante que o Windows ainda não ocupou em dois, metade para o Ubuntu e o restante para Windows.