GPT e MBR são "tabelas" aonde os dados de boot ficam armazenados. Estas tabelas não podem ser utilizadas em conjunto, logo, você não consiguirá dar boot em um sistema (ou backup) que esteja usando GPT se seu sistema principal (ou o sistema que foi instalado primeiro) estivere em MBR. Quanto a criação de dados, não há problemas.
A unidade de destino da cópia pode estar em NTFS, fat32 etc, não em GPT, a menos que ela seja bootavel.
O que eu aconselho é: use o gerenciador do Windows para criar uma nova partição no seu HD (ou formate o disco que você quer usar) e mande o seu programa de backup colocar a imagem lá, MESMO que ela use GPT. Após isso, copie TODOS os arquivos (inclusive os ocultos) dessa partição e coloque em qual quer outro lugar (fora da partição). Formate-a e coloque os arquivos de volta nela. Como você pode perceber, ela não será bootavel ainda. Use um programa chamado EasyBCD (
http://neosmart.net/dl.php?id=1) e crie uma entrada no seu boot atual (pelo que você deu a entender, está em MBR) direcionando-a a esta partição ou disco. Depois disso, você está pronto e sua partição backup estará pronta e bootavel.
Lembre-se: MBR e GPT não convivem juntos e são APENAS "tabelas" (mais fácil de entender usando esse conceito) aonde os dados de boot serão armazenados. Partições estão em NTFS, fat32 e coisas do tipo, não em GPT ok?
Espero ter ajudado.