Isso pode ser normal. O meu também é assim, por exemplo, entre outros programas, eu uso o windows live mail o dia todo aberto, então ao fim do dia, eu começo fechar todas as janelas ao mesmo tempo para desligar, o windows informa que o o programa wlm ainda está em execução, mas isso é porque o windows precisa de um tempo para realizar todas as operações de fechamento das janelas, já que todas são fechadas quase ao mesmo tempo, e esse é o programa que mais consome memória, então basta ignorar essa mensagem e apenas dar um tempinho, até o windows "entender" que o programa já foi fechado, a mensagem some e o windows é desligado sem problemas.