Você pode ir nas opções do Windows Live Messenger, selecionar a aba Sons e desativar todos os sons ou apenas os que você não quer ouvir. Você também pode ir naquela caixinha de som que fica na bandeja do sistema, clicar em mixer, e diminuir o som do messenger por lá. A propósito, na aba Sons, você também pode editar os sons que serão tocados quando o messenger executar alguma ação, podendo assim colocar um som mais agradável para a entrada de um contato.