Tente usar o Microsoft Security Essentials (
http://www.microsoft.com/security_essentials/) para localizar e colocar tal vírus em quarentena. Vírus são programas, sendo assim, precisam de alguma "ordem" para rodar. Essa ordem é dada pelo usuário. Sendo assim, apenas formar o pendrive não adiantaria, já que o seu computador também (talvez o pendrive em questão nem esteja infectado) está infectado e tal vírus pode se propagar/infectar outros pendrives caso não seja tomada nenhuma providência.
Manter seu anti-vírus e seu Windows atualizados (recentemente foi lançada uma atualização que ajuda a se proteger contra pendrives infectados) ajuda a te proteger contra vírus desse tipo.
O Avira não detecta esse vírus por ter um algoritmo diferente de detecção de vírus, isso é, ele só pegaria vírus (na teoria) que tentassem executar algum código malicioso; o vírus em questão apenas altera propriedades do sistema, e não tenta excluir arquivos nem nada do tipo. O Security Essentials possui um algoritmo mais avançado que previne também vírus que não tentam rodar apenas códigos maliciosos, mas que mudam (insistentemente) entradas do sistema ou em arquivos.
Outros programas como Kaspersky e Nod32 podem te salvar dessa também.
Lembre-se: após o anti-vírus detectar e remover o vírus em questão, você terá que abrir o Iniciar > Executar, digitar na janela que se abre: CMD e clicar ok. Após isso, na janela do prompt de comando que se abrirá, digite:
attrib -h -r -s /s /d UNIDADE:\*.*
Onde UNIDADE é a letra da unidade do pendrive. Digamos que o pendrive esteja em G: (seu HD está em C: , gravadores de dvd/cd em D: , etc....), logo, o comando a ser digitado é:
attrib -h -r -s /s /d G:\*.*
Feito isso, se o vírus tiver sido totalmente removido, você será capaz de ver tudo que está em seu pendrive tranqüilamente.
