Amigo em uma maquina que instalei (de um cliente) ocorreu o mesmo problema, e notei que a sequencia dos cabos satas na placa mãe estavam errados por isso não reconhecia.
Exemplo, no setup tem que aparecer seu HD principal como master, depois o leitor de DVD/CD como master, e se vc tiver outro HD ou outro leitos eles aparecerem como slave.
Como vc faz isso, poe o HD na porta sata0, DVD porta sata1,outro porta sata2 ( o importante é sempre o Hd principal e o leitor principal estarem em master), não é necessario usar jampers os placas mães reconhecem altomaticamente.
Também é possivel ter problemas de partição se vc possui alguma de beck-up, para isso é necessario apenas entrar no gerenciador de partições e definir uma nova letra para a mesma.