Há diversas questões não informadas: qual seu windows? qual o modelo do pendrive? o pendrive é original (ou falsificado)? o pendrive está funcionando em outros Pcs? Você já tentou em todas as portas Usb do Pc? o pendrive está formatado em fat ou ntfs? vc clica em remover com segurança ao remover o pendrive? já passou o antivirus também no pendrive?
Veja também se o windows está configurado para remoção rápida ou melhor desempenho: http://goo.gl/l9KaQ