Se for o que estou entendendo, vc deve ter feito um backup (comum, de dados) em uma mídia, então ao restaurar esse backup, os dados serão exatamente os mesmos do dia em que vc fez o backup, inclusive vc poderá restaurar em outra pasta qualquer do Pc, e esses arquivos, por si só, não interferem com os programas instalados.
Agora, há uma outra forma de backup, onde vc faz o backup de todo o sistema windows, com os programas, arquivos e tudo (isso é feito em um hd externo ou outra partição), assim em caso de uma pane no windows, basta dar o boot a partir de um cd e em cerca de 20 minutos, todo o sistema com os programas estarão de volta (na data do backup feito). O próprio windows 7 faz esse tipo de backup, mas eu prefiro usar o Macrium Reflect Free para isso.
Como dica, vc pode também gravar um Cd com o Ubuntu ou com o Hiren's Boot, assim em caso de pane no windows, é só dar o boot com esse cd, onde poderá usar o Mini Xp (idêntico ao Xp), onde poderá acessar suas pastas do windows e salvar tudo que quiser em pendrives, antes de formatar seu sistema. Outra dica, é que vc pode começar tb a fazer backup na nuvem, basta fazer o cadastro no Dropbox ou SugarSync ou outros serviços, que são gratuitos, assim basta vc salvar seus arquivos normalmente, eles já são salvos na nuvem automaticamente. Eu uso o Dropbox, que oferece 2 Gb gratuitamente, e não me preocupo mais em fazer backups, pois em caso de problema, meus principais arquivos estarão salvos na nuvem.