Vc desativou até o antivirus para ter melhor desempenho, mas pelo menos deveria manter em dia as atualizações automáticas e Services Pack para o windows não ficar muito vulnerável. Se vc usa quase sempre o Linux, acho bem difícil que vá "passar" algum vírus para a partição do windows, mas uma coisa que vc poderia fazer no Ubuntu: clique com o botão direito na partição do windows, escolha propriedades e desabilite a escrita do Linux nessa partição, assim estando no Linux, ninguém vai conseguir gravar nada na partição do windows, nem vc, nem um suposto vírus, ou seja, o ubuntu vai conseguir apenas ler os arquivos, mas gravar não, e ao voltar ao windows, tudo deve funcionar normalmente.
Agora, já que vc tem pelo menos 2 partições, recomendo fazer uma imagem da partição do windows com o programa Macrium Reflect Free, vc deixa a imagem salva na partição Linux (ou num hd externo), e um dia, se o windows der pau, em cerca de 20 minutos vc restaura a imagem e o windows volta a funcionar com todos os jogos já instalados.