Como assim? Eu tenho o JetClean instalado e ele só apaga (desinstala) aquilo que pedimos pra ele apagar. Além da limpeza dos arquivos inúteis, histórico, cache, etc, ele tem a aba de desinstalação de programas, onde só irá desinstalar aquilo que marcarmos e tem outra aba de inicialização dos programas, sempre que instalamos qualquer programa (ou mesmo uma atualização do Adobe Reader) é quase certo que o tal programa ficará configurado para ficar iniciando sempre que a máquina é ligada, então nessa aba do Jetclean (e do Ccleaner também) é só desmarcar o que não quer, eu mesmo só deixo para inicializar o antivirus MSE e um programa de Fax via Pc que ainda uso, o resto eu desmarco tudo para economizar recursos desnecessários. Isso só impede a inicialização todo dia, mas quando preciso do programa ele inicia normalmente.