Posso te dizer que o fato de estarem manchadas não está relacionado com o lugar onde elas estão armazenadas.
1 - Você já comparou as fotos que estão no HD externo com outras fotos que estejam em outro lugar?
2 - Você verificou a resolução das fotos?
3 - Com qual visualizador de imagens você está abrindo as fotos?
4 - Já tentou abrir as fotos em outro computador, elas continuam manchadas?
Boa sorte!