Se quiser (apenas) ver seus arquivos, poderia habilitar para o Windows mostrar arquivos ocultos e de sistema, isso deveria fazer vc apenas ver se eles estão lá mesmo (lembrando depois de voltar as opções padrão).
Agora, se quiser, também pode tentar com um programa, que tenta eliminar o vírus e faz a mesma coisa que a dica que dei lá:
http://goo.gl/RjtCcg (escolha baixar sem o instalador do baixaki).