Não é por isso, mas Tente isso: Clique com o botão direito sobre a unidade com problema, escolha Propriedades, depois em Ferramentas, então escolha: Verificação de erros e marque as duas caixinhas seguintes e Iniciar ou Ok e aguarde o Windows fazer os reparos na unidade.
O maior problema de estar em Fat32, é que ele não consegue salvar arquivos maiores que 4Gb. Mas tem como transformar de Fat32 para Ntfs ou formatar logo em Ntfs que é um sistema mais seguro.