Como o sistema não reconhece o Hd externo, mas abre uma partição (no Hd externo?). Já tentou ligar esse Hd em outro Pc?
Qual a capacidade desse Hd? A partição System Reserved é uma partição criada a partir da instalação do Windows 7 de 100Mb (nas outras versões usa mais espaço). Essa partição contem os arquivos de boot do Windows. Essa partição fica no Hd interno. Então verifique no Gerenciamento de Disco do Windows, onde aparecem todas as partições, ela deve aparecer aí (é bom deixar ela quieta e não mexer nela).