1º é normal que toda unidade venha com menos espaço que o anunciado pelo fabricante. Por exemplo, um Hd anunciado como sendo de 500Gb, na verdade mesmo só vai ter em torno de 470-480Gb, eles nunca veem na capacidade anunciada, e isso é padrão da indústria.
Clique com o botão direito sobre a unidade, vá em propriedades, então veja o Espaço Total e principalmente o Espaço Usado.
Se perceber que há muito espaço usado, mas esses arquivos não aparecem, então eles podem estar ocultos por ação de malwares, use essa dica minha:
http://goo.gl/P7HYui
Também poderá desinstalar o driver, reiniciar e colocar o cabo para instalar novamente Ou instalar o Hd em outro Pc para verificação.
Outra dica muito importante que resolve muitos casos: numa janela do Cmd (Prompt de comando), acessar a unidade do Hd externo e digitar o comando: chkdsk /f (enter)
para corrigir erros de arquivos.