Faz o seguinte: tem alguns malwares que apenas ocultam os arquivos, mas eles continuam no drive. Então vá no item Meu Computador e habilite nas propriedades para mostrar os arquivos ocultos e também habilite para mostrar os arquivos do sistema operacional (pois o vírus dá o atributo de system para enganar o Windows e assim ele não mostra).
Volte no Windows Explorer e veja se seus arquivos aparecem aí, se aparecer, eles estão apenas ocultos e tem como corrigir isso facilmente acessando aqui:
http://respostas.guiadopc.com.br/10088/externo-samsung-repente-algumas-consigo-visualizar-sistema
*Não esqueça depois de voltar a habilitar: Ocultar os arquivos de sistema do Windows(que devem ficar ocultos mesmo).
Também observe nas propriedade da pasta o tamanho total da unidade, o espaço ocupado e o espaço livre (essas são apenas dicas que dão uma base do que fazer, mas são muito importantes). Agora caso haja muito espaço livre, então os arquivos foram apagados, e terá que tentar com programas de recuperação de arquivos.
Também pode acontecer em Hds externos de ter sido criada uma outra partição por acidente, deixando espaço não alocado no Hd (isso às vezes acontece por acidente ou falha de algum programa), fazendo a pessoa pensar que sumiu todo o espaço do Hd.