A maneira mais simples é a seguinte: verifique se o arquivo não está em uso por algum processo: vários programas usam arquivos enquanto estão abertos, e caso o arquivo esteja sendo usado, não é recomendado que seja excluído, por isso, tente fechar todo programa que possa estar usando o aplicativo. Caso esse não seja o problema ou o arquivo seja um arquivo protegido pelo sistema, você pode usar o software Unlocker (
http://www.baixaki.com.br/download/unlocker.htm) que é um pequeno e simples aplicativo que vai colocar a opção "Unlock" quando você apertar com o botão direito em algum arquivo. Simples e fácil. Caso você não queira usar tal software, experimente fazer o seguinte:
Clique com o botão direito no arquivo e vá em Propriedades. Quando a janela se abrir, vá a aba segurança e clique em Avançadas. Na janela que se abrirá, você verá a aba "proprietário": clique nela e vá em Editar. Selecione Administradores e dê Ok em todas as janelas. Quando voltar as propriedades do arquivo, vá novamente na aba Segurança e mais uma vez em Editar. Clique na opção Administradores e marque todas as caixinhas que estão abaixo de "Permitir". Novamente dê um Ok em todas as janelas e pronto, seu arquivo está desbloqueado (é isso que o Unlocker faz, a propósito).
Lembre-se: se o arquivo está bloqueado ou não é permitido que seja deletado, há um motivo, o qual pode ser muito maior do que o seu motivo para modificar tal arquivo. Caso você queira modificar algum arquivo do Windows, por exemplo, para liberar temas alternativos no sistema, eu aconselho o uso de softwares como Uxtheme Patch (
http://www.baixaki.com.br/download/uxtheme-multi-patcher.htm para XP ou
http://hotfile.com/dl/100133853/5c228a4/Uxtheme_Patch_for_Windows_7.zip.html para Windows 7), que faz o processo de liberar os temas no Windows automaticamente.
Caso queira modificar algum outro arquivo protegido, tenha certeza do que está fazendo antes.