Antes de você fazer essa alteração é bom você pensar em que lugares vai utilizar o Pendrive. Pelo seguinte fato.
A maioria dos sons automotivos que tem entrada USB, funciona somente com FAT/FAT32 e também alguns dos aparelhos de DVD residencial também só Pendrives que estão usando FAT/FAT32.
Então antes de formatar o Pendrive e colocar com NTFS pesquise o modelo dos aparelhos que vai utilizar o Pendrive para ver o sistema de arquivos que é compativel.
Agora se for usar somente em computadores, é recomendavel usar o sistema de arquivos NTFS, pois você ganhar perfomance e estabilidade.
Espero ter ajudado.