Não é aconselhável, pois enquanto o desfragmentador está desfragmentando, esses outros programas usados estão a fragmentar, ou seja, enquanto fragmentos são copiados e escritos, pode haver uma mistura de fragmentos de arquivos dos que são usados e os escritos na memória e por fim inutilizar o programa e até o próprio Windows, mas veja bem, pode ocorrer isso, não necessariamente, eu não recomendo, se fizer faça por sua responsabilidade.