O Defraggler tem algumas funções legais a mais. Com ele, dá para desfragmentar um arquivo individualmente, por exemplo. No entanto, não haverá tanta diferença de performance. O desfragmentador do Windows 7, inclusive, possui um método melhor de desfragmentação dos arquivos, divididos em vários passos, algo semelhante ao JkDefrag/MyDefrag.
Não há riscos em usar o Defraggler todos os dias, exceto se você estiver desfragmentando SSDs ou pendrives, já que esses dispositivos possuem um ciclo limitado de leitura/escrita.