Um aplicativo muito simples e que cumpre sua função é o TuneUp Utilities (TRIAL -
http://www.baixaki.com.br/download/tuneup-utilities-2011.htm). Além de ser uma suite de otimização e limpeza do computador, ele permite que você faça a remoção de qual quer arquivo em diversos níveis de remoção: desde a simples até remoção avançada. Uma vez que o TuneUp (depois de instalado) se integra ao sistema, a remoção se torna bem simples: clique com o botão direito no arquivo que você deseja remover, vá na opção TuneUp Shredder, e na janela que se abrir, escolha a "profundidade" com que o arquivo seja deletado.
Há outras suites de otimização que também fazem esse tipo de serviço, basta procurar na internet. Você pode baixar softwares especializados nisso, como por exemplo, o Eraser (
http://eraser.heidi.ie/).
Caso seja do seu interesse, vou explicar o que acontece quando um arquivo é deletado: é muito simples, quando o arquivo é deletado da lixeira, o Windows marca o "espaço" no HD onde o arquivo se localizava como livre, permitindo assim que outras aplicações gravem dados naquele espaço. Ou seja, o arquivo não é "deletado" de vez até que outro dado seja gravado por cima de onde tal arquivo estava. O que programas que deletam arquivos permanentemente fazem é: localizar onde o arquivo se encontra, deletar o arquivo, e gravar algum dado aleatório por cima, deletando-o logo em seguida. Então, se você quer deletar um arquivo de vez do seu computador, e não quer usar tecnologias de terceiros, basta que você delete o arquivo e continua usando seu computador normalmente, instalando software/jogos e colocando e retirando arquivos como de praxe. Uma hora, o arquivo que você não quer ter deletado permanentemente será deletado permanentemente, porém, de uma maneira "natural".