Por acaso você está falando de uma barra com vários tracinhos verticais que aparece na parte inferior da tela e que vai sendo preenchida? Se sim, é absolutamente normal.
Que barra pontilhada? Todos os sistemas windows tem mesmo uma barra no começo, no boot, e principalmente o do xp. Isso é normal, e a inicialização completa demora uns 50 ~ 60 segundos, dependendo da configuração.
Na hora que você vai formatar no setup, escolhe como prioridade de boot o cd, e normalmente desabilita o HD ou poe como segunda ou terceira prioridade. Depois de formatado, você colocou o HD como primeira prioridade novamente? Talvez seja esta a demora a bios esta lendo primeiro o leitor de CD e por ultimo indo para o HD.