Bom dia Yuri, esses programas realmente alteram o registro do windows, então é bom ter cuidado com eles, fazer um backup antes, etc. Para usar o Aero, você precisa de uma placa de video ou video onboard com alguns requerimento mínimos como: DirectX 9 ; WDDM (Windows Display Driver Model) ; 128 MB de vídeo ; e Suporte Pixel Shader 2.0 com 32-bits por pixel ; e o .Net Framework . Outro detalhe é que o Aero Enabler não habilita a transparência, ele só habilita alguns recursos do Aero.
Outras opções: O Tweak Me, da mesma empresa, que permite habilitar o Aero:
http://goo.gl/oLDH e outro muito bom também, que habilita a transparência se o seu hardware for compatível, que é o Aero Patch
http://goo.gl/UHacu