Olá Rose, voce também pode verificar se seu pendrive está configurado para remoção rápida ou para melhor desempenho, veja isso:
http://goo.gl/GLdkv Se voce conseguir configurar para remoção rápida as chances de problemas diminuem, mas sempre é bom ficar de olho e nunca puxar o pendrive com a luzinha piscando, pois indica que está lendo dados, e como há uma troca de energia, pode causar perdas de dados ou até a queima da porta Usb.
Quanto ao problema que informa estar sendo usado, é somente devido a unidade do pendrive estar selecionada, é só voce por exemplo no windows explorer ou meu computador, selecionar outra unidade, com um único clique em C: por exemplo, e em seguida já pode remover sem a mensagem de erro ou ainda pelo botão direito em cima do pendrive (o segredo é que o pendrive não pode estar selecionado).