Pode ser que seja por ação de malwares no Hd externo, talvez ao conectar o Hd em outra máquina. Então, 1º recomendo fazer uma verificação completa com um bom antivírus tanto no PC como no Hd externo para eliminar os vírus e malwares (como o vírus Dorkbot ou outros que fazem essas gracinhas). O vírus apenas muda os atributos dos arquivos, dando atributos de sistema e como o Windows é configurado por padrão para não mostrar os arquivos de sistema, o Windows "pensa" que os arquivos do Hd externo são arquivos de sistema da pasta windows e assim não os mostra, mas os arquivos continuam lá.
O vírus apenas dá o atributo de sistema, de oculto e de somente leitura aos arquivos, então faça o seguinte para normalizar tudo: Primeiro, é preciso saber qual é a unidade certa do Hd externo ou Pendrive que aparece no Windows Explorer, por exemplo, pode ser E: F: G: H: etc. Então digite cmd na pesquisa do Windows, clique com o botão direito e escolha "Executar como Administrador".
Aqui neste exemplo, vamos supor que a minha unidade do Hd externo seja G: então digite g: na janelinha do Cmd e aperte Enter para acessar a unidade, então dentro da unidade acessada, digite o comando: attrib -s -h -r /s /d (sempre com um espaço entre as letras, ou então copie aqui o comando e dentro do Cmd escolha Colar com o botão direito e aperte Enter) e aguarde um pouco enquanto o comando restaura os atributos dos arquivos da unidade, dependendo da quantidade de arquivos.
Só um aviso: O comando é feito dentro da unidade certa do Hd externo ou pendrive, não faça esse comando na unidade C: para não bagunçar os arquivos do Windows, que devem permanecer ocultos mesmo. Pronto, verifique suas pastas!
Detalhe: Caso dê mensagem de Acesso Negado, será preciso mexer com o botão direito acessando as propriedades da unidade ou pasta, até dar Acesso Total aos arquivos:
https://goo.gl/rZgTMY e depois fazer o comando acima. Abç.