O vírus apenas dá o atributo de sistema e de oculto nos arquivos, pois o windows por padrão, não os mostra, então 1º passe um antivirus no pc e nos pendrives para remover o virus. Vc pode fazer o que expliquei no pendrive e na partição D: que todas suas pastas e arquivos voltarão ao normal, agora na unidade C: eu não testei, e não posso recomendar, a não ser que vc faça apenas em algumas pastas, pois se vc der esse comando na raíz da unidade C: por ex. isso removeria os atributos de todos os arquivos, incluindo os arquivos legítimos do windows, que são realmente arquivos de sistema e devem continuar assim. Sugiro que tente copiar cada pasta da unidade C: que vc quer que fique normal, copie para o pendrive e faça o comando no pendrive, depois copie novamente essas pastas para o Pc. Evite fazer o comando na unidade C: pois não sei as consequencias disso.