Em primeiro lugar é preciso dizer que os smartphones modernos são verdadeiros computadores de bolso. Muitos tem recursos que nem os PCs tinham há pouco tempo atrás como a navegação por GPS, por exemplo. E tal qual os computadores os smartphones contam com sistemas operacionais complexos capazes de rodar aplicativos com inúmeros recursos.
Atualmente há vários sistemas operacionais. Os principais são o Android, do Google, e o iOS, exclusivo da Apple. Há também o Symbian, o Bada, o Maemo, o Blackberry OS, o MeeGo e outros. Não resta dúvida de que o Android é um dos que mais crescem no mercado, embora a liderança ainda seja do Symbian. Ao escolhe um novo smartphone, a quantidade de aplicativos disponíveis pode ser um fator decisivo. Nesse quesito não resta dúvida de que o iOS e o Android lideram. O sistema da Apple tem quase 300 mil aplicativos disponíveis. Já o Android acaba de quebrar a barreira dos 100 mil.
No caso do Android há uma infinidade de aparelhos que usam o sistema. No caso do iOS há apenas os aparelhos da Apple como o iPhone 4. Em relação ao sistema operacional o iPhone 4 tem a vantagem de poder ter sempre a última versão do sistema instalado no aparelho, já que a Apple libera as atualizações periodicamente. Quanto ao Android, o que se tem é uma colcha de retalhos. Cada fabricante tem seus modelos com versões diferentes do Android. Enquanto, SO caminha para lançar a versão 2.3 ainda tem fabricantes lançando modelos com a versão 1.5. Além disso as atualizações dependem de critérios de cada fabricante.
Felizmente a maioria tem atualizado seus aparelhos. É o caso da Sony Ericsson que está atualizando para a versão 2.1 o Android de sua linha Xperia X10. Smartphones mais novos como o Motorola Milestone 2 e o LG Optimus One já vem com a versão 2.2 do Android. O Galaxy S, um dos melhores smartphones do mercado, roda o Android 2.1. E voltando à falar do iPhone 4 e do iOS, não há suporte ao Flash, o plugin que permite visualizar vídeos e animações na internet. No Android o recurso foi incorporado nativamente a partir da versão 2.2.
Em resumo,fica difícil afirmar o "MELHOR" por que todos terão vantagens e desvantagens,exclusividades que um S.O tenha e o outro não,performance,design,estabilidade,segurança e o custo benefício para o bolso de quem os adquire.
Cada usuário tem sua necessidade e que nem todos os smathphones poderão supri-las,as vezes um mais e outro menos,ou seja,vai muito da necessidade de usuário do que de outros fatores muitas vezes.