Fica muito complicado fornecer auxílio para alguém que encontra-se longe,por mais que eu te explico você pode não chegar ao ponto X da questão,isso é normal,não tem problema nisso,acontece que você a cada vez pode ficar meio que confuso.
Bom creio que o S.O principal seja o WINDOWS para que isto esteja ocorrendo,por mais que você tenha o LINUX na máquina,se você tivesse o LINUX em si,e feito uma partição no S.O linux do WINDOWS,ai sim ele reconheceria,agora do contrário como te disse não,e como ele não está conseguindo apagar,com certeza deve ser esse o problema,é WINDOWS,e por isso ele não consegue reconhecer o formato do LINUX,do contrário sim ele iria reconhecer.