Se você deixou ele,por uma ou duas vezes carregando desse jeito,não afetará nada o notebook,porém,esta ação frequentemente pode fazer com que a bateria do notebook fique viciada,ou seja,ele só irá ligar se você coloca-lo para carregar.
Se você fez isso poucas vezes,não é lá de se preocupar tanto,mas agora se fizer isso frequentemente,gradativamente a bateria ficará viciada.