Em geral são vírus. Vale a pena você scanear o pendrive e tentar recuperar os arquivos, pelo antivírus mesmo, mas não creio que consiga recuperá-los; daí, se não conseguir recuperar os arquivos, é aconselhavel você 1- formatar o pendrive e desconectá-lo do PC, 2- scanear todo gadget que esteja conectado com o PC, por exemplo, celular, e-reader, hd externo, etc. Após o scaneamento de cada um, se estiverem limpos, retire um por um do PC, se estiverem com vírus, tire os vírus e retire eles do PC, 3- scaneie por completo o PC com antivírus e depois de tirados todos vírus dele, caso o PC tenha, coloque o pendrive e outros gadgets e volte a usá-los.
Pd: evite usar pendrives e gadgets de terceiros no seu PC e evite usar seu pendrive noutros computadores e se isto não for possível, sempre scaneie seus pendrives e gadgets ao conectá-los ao seu PC, mesmo que você use eles em Linux, pois o Linux pode ser bem difícil de ser infectado, mas arquivos que estejam nele podem ser transferidos, via pendrive, por exemplo, para Windows ou MAC e infectá-los juntamente com a infecção que ocorrerá no pendrive ou gadgets que você transporte o vírus.
aloha