Desfragmentar o disco certamente envolve uma utilização intensa de todo o mecanismo do hd, o que significa diminuir a sua vida útil (afinal, a engenharia projeta o hd para atingir determinadas metas, por exemplo para durar tantos milhões de seeks, conseguir regravar um setor X vezes, etc...). O ato de desfragmentar executará o processo "no escuro", pois existe a possibilidade de alguns dos arquivos desfragmentados serem raramente acessados (ou talvez nunca mais) no futuro, o que significa a possibilidade de um stress desnecessário do hd.
Acima da discussão se a diminuição da vida útil é significativa ou não, deve ser analisado o prejuízo da fragmentação na performance do hd - afinal, pouca gente gostaria que o seu hd de 7200 rpm tivesse uma redução de 1% na vida útil (é um exemplo), mas ninguém irá querer que o desempenho deste hd seja equivalente a um de 5400 rpm. Esta avaliação é particular de cada um. Existirão aqueles que acharão necessário desfragmentar o hd diariamente, outros o farão uma vez por semana ou quando a fragmentação alcançar determinado limite, etc.